Σε επιστολή προς τον Αρχιεπίσκοπο Κρήτης Ειρηναίο, ο Πάπας και Πατριάρχης Αλεξανδρείας κ.κ Θεόδωρος Β’, εκφράζει τις ευχές του για ταχεία ανάρρωση. Ειδικότερα, ο Πατριάρχης Θεόδωρος, «εύχεται από καρδίας ταχείαν ανάρρωσίν και επιστροφήν του εις τα πολυεύθυνα καθήκοντά του, καθ΄ ότι πρόκειται περί Ιεράρχου υψηλού ηθικού φρονήματος και καύχημα της αγιοτόκου Κρήτης».

Στις 24 Σεπτεμβρίου 2020 ο Αρχιεπίσκοπος Κρήτης εισήχθη στο Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Ηρακλείου λόγω δύσπνοιας. Από τις 27 Σεπτεμβρίου νοσηλεύεται στη Μονάδα Εντατικής Θεραπείας ΠαΓΝΗ, για οξεία υπερκαπνική αναπνευστική ανεπάρκεια. Είναι σε αφύπνιση, έχει επικοινωνία με το περιβάλλον και παραμένει αιμοδυναμικά σταθερός και απύρετος. Μετά το πέρας των παρακλινικών εξετάσεων, απεφασίσθη και έγινε τραχειοστομία, την οποία ανέχεται καλώς, αναφέρει το ιατρικό ανακοινωθέν. Ο Αρχιεπίσκοπος Κρήτης έκανε επίσης δύο τεστ κορονοϊού, τα οποία είναι αρνητικά.